プロジェクトルートに CLAUDE.md と AGENTS.md の両方があり、サブディレクトリに AGENTS.md のみがある場合、どう結合されますか？
結合されません。各ディレクトリ階層で独立して判定されます。ルートには CLAUDE.md が存在するためそれのみを読み、サブディレクトリには CLAUDE.md がないため AGENTS.md を読みます。異なる階層で異なるファイルソースになるのは正常な挙動でバグではありませんが、これを認識していないと、サブディレクトリのルールがルートと「同じロジック」でマージされていると誤解しやすい。
実務上は、プロジェクト全体で一つのファイル命名戦略に統一する方が安全です。
managed-only モードは個人開発者が実際に使うことがありますか？
ほとんどありません。このモードは集中管理が必要な企業組織向けに設計されています——会社が全開発者の Claude Code に、IT やプラットフォームチームが一元的に配信するルールを適用させ、個々のマシンでの上書きを許さないようにするためのものです。個人プロジェクトや小規模チームでは通常この水準のロックダウンは不要で、claude-md-or-agents-md か claude-md-and-agents-md で十分です。
企業アカウントで instructionFiles が managed-only に設定されていて、自分の CLAUDE.md が全く反映されない場合、それは通常、設定ミスではなくプラットフォームチームによる意図的な決定である。
チームが claude-md-and-agents-md に切り替えた場合、両ファイルが矛盾するとどちらが優先されますか？
公開ドキュメントでは直接的な矛盾時の解決順序が明確に定義されていません。実務上安全な前提としては、両方の内容がモデルへの指示として入力され、直接矛盾する場合（片方はタブ、もう片方はスペースを指定するなど）、結果はモデルが同時に存在する2つの指示をどう重み付けするかに依存します。
そのため、このモードを使うチームは AGENTS.md を「ツール横断・広範囲」の規約、CLAUDE.md を「Claude Code 専用・狭範囲」の補足と位置づけ、同じ事項について矛盾する指示を与えないようにすべきです。
AGENTS.md 対応バージョンにアップグレードした後、有効にするために手動で何か変更する必要がありますか？
デフォルトモードの claude-md-or-agents-md はアップグレード後もそのままデフォルトです。プロジェクトにもともと AGENTS.md がなければ、挙動は一切変わりません——Claude Code は以前と同様 CLAUDE.md のみを読みます。挙動が変わるのは、プロジェクト（またはそのサブディレクトリ）に既に AGENTS.md があり、対応する CLAUDE.md がない場合のみで、この場合以前は無視されていた内容を読み込み始めます。
最も安全なのは、アップグレード後に一度 /status を実行し、現在有効な instructionFiles モードと実際に読み込まれているファイルパスを確認してから調整を判断することです。
Claude Code と他の AI コーディングツール（Cursor、Aider、あるいは Claude Code エコシステム外のオープンな AGENTS.md 規約に従う任意のツール）を併用しているチームにとって、これまで面倒だったのは、ほぼ同じ内容の指示ファイルを重複して維持することだった——Claude Code 用の CLAUDE.md と、それ以外のツール用の AGENTS.md。片方だけ更新し忘れると内容がずれていく。Claude Code の最近のリリースでは、AGENTS.md をネイティブに指示ファイルとして読み込めるようになった。この記事では実際の優先順位ロジック、4つの設定モード、そして見落としやすい CLAUDE.local.md との相互作用を解説する。
基本ルールはシンプルだが誤解しやすい：各ディレクトリ階層で、Claude Code はまず CLAUDE.md を探し、そのディレクトリに CLAUDE.md が存在しない場合のみ AGENTS.md にフォールバックする。両方を読んでマージする仕組みではなく、ディレクトリごとの二者択一判定である。つまりプロジェクトルートに両方のファイルがあれば、Claude Code は CLAUDE.md のみを読み、AGENTS.md の内容は完全に無視される——それが他ツール用により新しいバージョンだったとしても。
この挙動は settings.json の instructionFiles フィールドで制御され、4つの値が設定可能：
CLAUDE.md のみを読む。CLAUDE.md が存在しなくても AGENTS.md にフォールバックしない。CLAUDE.md を確認し、存在しない場合のみ AGENTS.md にフォールバック。CLAUDE.local.md（コミットされない、ローカル専用の指示ファイル）は同階層の AGENTS.md より優先される——たとえ claude-md-or-agents-md モードで CLAUDE.md が存在しなくても、CLAUDE.local.md が存在すればそれが AGENTS.md を上書きする。チームが AGENTS.md 規約に完全移行した後も、古い CLAUDE.local.md をローカルに残していると、その存在を覚えていない限り原因を特定しづらい形で同僚と挙動が食い違う。
複数の AI コーディングツールを併用している、または検討している開発組織にとって、このネイティブサポートは重複指示ファイルの維持コストを直接削減し、指示の乖離による出力品質のばらつきリスクを下げる。導入前に /status または settings.json で現在の instructionFiles モードを確認し、各ディレクトリ階層に残された CLAUDE.local.md がないか点検することを勧める。